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Sua descoberta ocorreu em 1749, quando, descendo o rio Amazonas, o explorador José Gonçalves da Fonseca notou uma ilha que, por sua extensão, sobressaía-se das outras localizadas à direita do grande rio.
A fundação da localidade só foi realizada em 1796, por José Pedro Cordovil, que veio com seus escravos agregados para se dedicar à pesca do pirarucu e à agricultura, chamando-a Tupinambarana, em razão de haver sido habitada pelos índios Tupinambás.
Também habitavam o local as tribos Sapupé, Peruviana, Mundurucu, Mawé e Parintintins. Em 1803, uma missão religiosa sob a direção do frei José das Chagas, denominada Vila Nova da Rainha, instalou-se no lugar.
Em 1833, essa Missão foi elevada à categoria de Freguesia, mudando o nome para Nossa Senhora do Carmo de Tupinambarana.
Em 15 de outrubro de 1852 a elevação da Vila é efetivada, passando em então a se chamar Vila Bela da Imperatriz.
No dia 25 de Dezembro de 1880 a sede do município passou a se chamar Parintins, nome vindo dos índios Parintintins, antigos habitantes do local.
Já em 1991, na vigência da divisão administrativa, o Município era composto de quatro distritos: Parintins (sede), Paraná do Ramos, Nhamundá e Xibui. Mais tarde, foi criado o distrito da Ilha das Cotias, que em 1950 passou a constituir o Município de Nhamundá.
Extinta a antiga divisão distrital, o Município de Parintins é constituído pela cidade de Parintins (sede) e pelas agrovilas de Vila Amazônia, Mocambo, Cabury e 189 comunidades rurais.
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